Klaus Ganzer wurde 1932 in Stuttgart geboren und studierte in Tübingen Theologie und Philosophie. Die Priesterweihe empfing er 1957 in Rottenburg. Er promovierte 1962 in Tübingen und habilitierte sich 1966 für das Fach Kirchengeschichte des Mittelalters und der Neuzeit. Von 1966 bis 1968 lehrte Ganzer als Universitätsdozent in Tübingen.
Vor seinem Wechsel an den Lehrstuhl für Kirchengeschichte des Mittelalters und der Neuzeit an der Universität Würzburg war er vier Jahre lang Professor in Trier. Von 1975 bis 1977 war Ganzer in Würzburg auch Dekan der Theologischen Fakultät. Seit 1988 gehört er der Akademie der Wissenschaften und der Literatur in Mainz an. 1993 wurde er korrespondierendes Mitglied der wissenschaftlichen Gesellschaft in Frankfurt. Bis 1998 war Ganzer Vorsitzender der Arbeitsgemeinschaft der bayerischen Kirchenhistoriker und der Kirchenhistoriker im deutschen Sprachraum. 1998 verlieh ihm Papst Johannes Paul II. den Titel eines Päpstlichen Ehrenprälaten. 1999 zog Ganzer nach Bad Wörishofen um; zuletzt lebte er in München.
Der Träger des Bundesverdienstkreuzes am Bande war international als Mitherausgeber verschiedener wissenschaftlicher Publikationen bekannt, unter anderem des Lexikons für Theologie und Kirche (LThK). Schwerpunkt seiner Forschung waren das Konzil von Trient und die katholischen Erneuerungsbewegungen des 16. Jahrhunderts.
